反滲透系統最終是需要進行清洗的，在RO系統表現出污染的傾向、長時間停運之前、或按計劃進行常規保養時，則建議清洗RO系統。當出現下列污染特征(標準化后產水量下降10~15%，標準化后產水水質下降10~15%，或者給水與濃水間的壓降增加10~15%)時，表明該RO系統需要清洗了。
由于RO系統出現污垢而需要清洗的頻率隨地點的不同而不同，一般習慣上可接受的清洗頻率是3~12個月一次。如果每個月不得不清洗一次以上，那么就應該改善RO的預處理系統，調整RO系統的運行參數，如果每1~3個月需要清洗一次，則需要在提高當前設備的運行水平上做工作，但是否需要改進預處理系統較難判斷。
在RO設計中通常會忽視使用RO產品水沖洗系統中的污垢，采用該法可減少RO的清洗次數。在設備停運期間用產品水浸泡RO膜組件有助于溶解垢和松散沉積物，因此降低化學清洗頻度。　
污垢地點不同所需要清洗掉的污垢物也不同，但往往存在的污染物不止一種，因此使問題復雜化，常見的污染物種類有：　
·碳酸鈣垢
·硫酸鈣、硫酸鋇、硫酸鍶垢
·鐵、錳、鋁等的金屬氧化物
·二氧化硅
·膠體沉積物(無機或無機/有機混合物)
·自然或合成有機物
·生物質(生物污泥、霉菌或真菌)
有許多因素與選擇合適的清洗化學藥品和正確的清洗方法有關。一旦辨明污染種類后，建議采用一種或多種清洗藥品。有一些清洗液中還添加有洗滌劑，這將有助于清除污染嚴重的生物和有機雜質。其它的清洗添加有象EDTA之類的螯合劑，這些螯合劑有助于清除膠體、有機物、生物雜質和硫酸鹽垢。如果選用不正確的清洗藥品或清洗步驟不正確時可能會使污堵更嚴重。
在選擇清洗藥品和使用復合聚酰胺膜時有一些注意事項：
·遵守制造商建議的藥品選擇清單、劑量、pH值、溫度和接觸時間。
·使用侵蝕性最小的藥品完成清洗工作。這些做會延長膜的使用壽命。
·在調節pH值時，一定要審慎以延長膜的使用壽命。藥品侵蝕性較小的pH值范圍是4~10，允許的最大pH值范圍是2~12。
·酸和堿不要混合。在加入下一種溶液之前，徹底沖洗系統以排盡上一次的清洗液。
·用高pH值的產水沖洗出洗滌劑。
·確認遵守正確的清洗液處理要求。